As equipes masculinas e femininas de Futsal estão, desde 1990, representando a UCDB nos principais campeonatos dentro e fora do estado. O principal deles são os Jogos Universitários Brasileiros, conhecido também como JUBs, em que já consagrou a equipe feminina em 2010, assim conquistando, para 2011, o título da Primeira Divisão do JUBs e o acesso à Divisão Especial, principal divisão do esporte universitário.